MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Pyrococcus horikoshii OT3 chromosome

Total Repeats: 31244

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000961	TCA	2	6	169	174	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589964
2	NC_000961	CCTTC	2	10	200	209	0 %	40 %	0 %	60 %	14589964
3	NC_000961	CCT	2	6	245	250	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589964
4	NC_000961	TGT	2	6	341	346	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	14589964
5	NC_000961	CTT	2	6	384	389	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14589964
6	NC_000961	TCG	2	6	401	406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	14589964
7	NC_000961	TAT	2	6	453	458	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	14589964
8	NC_000961	TTATC	2	10	503	512	20 %	60 %	0 %	20 %	14589964
9	NC_000961	AGG	2	6	561	566	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	14589964
10	NC_000961	TCC	2	6	582	587	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589964
11	NC_000961	CTT	2	6	612	617	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14589964
12	NC_000961	TCC	2	6	636	641	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589965
13	NC_000961	GCTT	2	8	649	656	0 %	50 %	25 %	25 %	14589965
14	NC_000961	ACT	2	6	720	725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589965
15	NC_000961	TCA	2	6	741	746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589965
16	NC_000961	AAC	2	6	752	757	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	14589965
17	NC_000961	CAG	2	6	826	831	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	14589965
18	NC_000961	TC	3	6	871	876	0 %	50 %	0 %	50 %	14589965
19	NC_000961	ACA	2	6	924	929	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	14589965
20	NC_000961	T	7	7	1090	1096	0 %	100 %	0 %	0 %	14589965
21	NC_000961	TCC	2	6	1099	1104	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589965
22	NC_000961	CAA	2	6	1140	1145	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	14591735
23	NC_000961	CTC	2	6	1195	1200	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14591735
24	NC_000961	CTT	2	6	1210	1215	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14591735
25	NC_000961	CT	3	6	1230	1235	0 %	50 %	0 %	50 %	14591735
26	NC_000961	TCC	2	6	1370	1375	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589966
27	NC_000961	GGAG	2	8	1378	1385	25 %	0 %	75 %	0 %	14589966
28	NC_000961	TTC	2	6	1393	1398	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14589966
29	NC_000961	CTG	2	6	1537	1542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	14589966
30	NC_000961	ACTTAT	2	12	1570	1581	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	14589966
31	NC_000961	AGG	2	6	1616	1621	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	14589966
32	NC_000961	CT	3	6	1656	1661	0 %	50 %	0 %	50 %	14589966
33	NC_000961	CGT	2	6	1725	1730	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	14589966
34	NC_000961	TTA	2	6	1761	1766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	14589966
35	NC_000961	TCA	2	6	1802	1807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589966
36	NC_000961	TAC	2	6	1966	1971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589966
37	NC_000961	CCAGTT	2	12	2027	2038	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	14589966
38	NC_000961	CCG	2	6	2042	2047	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	14589966
39	NC_000961	CTT	2	6	2121	2126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14589966
40	NC_000961	TCT	2	6	2187	2192	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14589966
41	NC_000961	CAT	2	6	2269	2274	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589966
42	NC_000961	CTCCAA	2	12	2301	2312	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	14589966
43	NC_000961	CTC	2	6	2356	2361	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589966
44	NC_000961	GAACTT	2	12	2379	2390	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	14589966
45	NC_000961	ACG	2	6	2426	2431	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	14589966
46	NC_000961	CTA	2	6	2635	2640	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589967
47	NC_000961	TCC	2	6	2664	2669	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589967
48	NC_000961	TGT	2	6	2683	2688	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	14589967
49	NC_000961	TCC	2	6	2694	2699	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589967
50	NC_000961	A	6	6	2716	2721	100 %	0 %	0 %	0 %	14589967
51	NC_000961	TTA	2	6	2969	2974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	33359247
52	NC_000961	TCC	2	6	3014	3019	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	33359247
53	NC_000961	TA	3	6	3044	3049	50 %	50 %	0 %	0 %	33359247
54	NC_000961	A	6	6	3072	3077	100 %	0 %	0 %	0 %	33359247
55	NC_000961	CAAC	2	8	3138	3145	50 %	0 %	0 %	50 %	33359247
56	NC_000961	TTTC	2	8	3249	3256	0 %	75 %	0 %	25 %	33359247
57	NC_000961	TC	3	6	3403	3408	0 %	50 %	0 %	50 %	14589968
58	NC_000961	CT	3	6	3502	3507	0 %	50 %	0 %	50 %	14589968
59	NC_000961	CCA	2	6	3534	3539	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	14589968
60	NC_000961	TAT	2	6	3611	3616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	14589968
61	NC_000961	CTC	3	9	3641	3649	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589968
62	NC_000961	ATG	2	6	3701	3706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	14589968
63	NC_000961	CA	3	6	3720	3725	50 %	0 %	0 %	50 %	14589968
64	NC_000961	CCAA	2	8	3728	3735	50 %	0 %	0 %	50 %	14589968
65	NC_000961	GCTC	2	8	3745	3752	0 %	25 %	25 %	50 %	14589968
66	NC_000961	TCC	2	6	3812	3817	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589968
67	NC_000961	GTT	2	6	3852	3857	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	14589968
68	NC_000961	AGT	2	6	3949	3954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	14589968
69	NC_000961	ATA	2	6	3956	3961	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	14589968
70	NC_000961	ATC	2	6	3963	3968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589968
71	NC_000961	TCA	2	6	3969	3974	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589968
72	NC_000961	TGT	2	6	3977	3982	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	14589968
73	NC_000961	GTC	2	6	4104	4109	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	14589968
74	NC_000961	GA	4	8	4230	4237	50 %	0 %	50 %	0 %	14589969
75	NC_000961	GGA	2	6	4261	4266	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	14589969
76	NC_000961	AAT	2	6	4298	4303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	14589969
77	NC_000961	ACT	2	6	4307	4312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589969
78	NC_000961	AGG	2	6	4362	4367	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	14589969
79	NC_000961	GACATA	2	12	4374	4385	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	14589969
80	NC_000961	AGA	2	6	4446	4451	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	14589969
81	NC_000961	TAA	2	6	4480	4485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	14589969
82	NC_000961	AAC	2	6	4511	4516	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	14589969
83	NC_000961	GGA	2	6	4572	4577	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	14589969
84	NC_000961	TAA	2	6	4642	4647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	14589969
85	NC_000961	AG	3	6	4739	4744	50 %	0 %	50 %	0 %	14589969
86	NC_000961	AGG	2	6	4761	4766	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	14589969
87	NC_000961	GAA	2	6	4800	4805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	14589969
88	NC_000961	GAG	2	6	4827	4832	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	14589969
89	NC_000961	TCT	2	6	5020	5025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14589970
90	NC_000961	TTG	2	6	5044	5049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	14589970
91	NC_000961	GAA	2	6	5160	5165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	14589970
92	NC_000961	AAG	2	6	5178	5183	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	14589970
93	NC_000961	TTC	2	6	5194	5199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14589970
94	NC_000961	T	6	6	5279	5284	0 %	100 %	0 %	0 %	14589970
95	NC_000961	TAA	2	6	5358	5363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	14589970
96	NC_000961	TCC	2	6	5377	5382	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589970
97	NC_000961	TTC	2	6	5454	5459	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14589970
98	NC_000961	CTT	2	6	5466	5471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14589970
99	NC_000961	TGA	2	6	5507	5512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	14589970
100	NC_000961	TGT	2	6	5574	5579	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	14589970
101	NC_000961	TTA	2	6	5660	5665	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	14589970
102	NC_000961	CCG	2	6	5677	5682	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	14589970
103	NC_000961	AGGA	2	8	5700	5707	50 %	0 %	50 %	0 %	14589970
104	NC_000961	GAA	2	6	5710	5715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	14589970
105	NC_000961	ATC	2	6	5754	5759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589970
106	NC_000961	TC	3	6	5930	5935	0 %	50 %	0 %	50 %	14589970
107	NC_000961	TGTTA	2	10	5937	5946	20 %	60 %	20 %	0 %	14589970
108	NC_000961	AAT	2	6	5964	5969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	14589970
109	NC_000961	AT	3	6	6231	6236	50 %	50 %	0 %	0 %	14589971
110	NC_000961	GA	3	6	6238	6243	50 %	0 %	50 %	0 %	14589971
111	NC_000961	TCC	2	6	6311	6316	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589971
112	NC_000961	TGT	2	6	6457	6462	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	14589971
113	NC_000961	TTA	2	6	6472	6477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	14589971
114	NC_000961	CTT	2	6	6540	6545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14589971
115	NC_000961	TCA	2	6	6555	6560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589971
116	NC_000961	AT	3	6	6611	6616	50 %	50 %	0 %	0 %	14589971
117	NC_000961	AAC	2	6	6642	6647	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	14589971
118	NC_000961	TTA	2	6	6706	6711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	14589971
119	NC_000961	GTC	2	6	6742	6747	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	14589971
120	NC_000961	ATC	2	6	6777	6782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	14589971
121	NC_000961	TC	4	8	6801	6808	0 %	50 %	0 %	50 %	14589971
122	NC_000961	CTTT	2	8	6889	6896	0 %	75 %	0 %	25 %	14589971
123	NC_000961	TTA	2	6	6964	6969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	14589971
124	NC_000961	TC	3	6	7019	7024	0 %	50 %	0 %	50 %	14589971
125	NC_000961	AT	3	6	7061	7066	50 %	50 %	0 %	0 %	14589971
126	NC_000961	CTC	2	6	7112	7117	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	14589971
127	NC_000961	ATA	2	6	7130	7135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	14589971
128	NC_000961	AT	4	8	7204	7211	50 %	50 %	0 %	0 %	14589971
129	NC_000961	GA	4	8	7251	7258	50 %	0 %	50 %	0 %	14589971
130	NC_000961	GAT	2	6	7312	7317	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	14589971
131	NC_000961	ATT	2	6	7326	7331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	14589971
132	NC_000961	T	7	7	7330	7336	0 %	100 %	0 %	0 %	14589971
133	NC_000961	ATT	2	6	7338	7343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	14589971
134	NC_000961	ATA	2	6	7456	7461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	14589971
135	NC_000961	TTG	2	6	7475	7480	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	14589971
136	NC_000961	TAA	2	6	7516	7521	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	14589971
137	NC_000961	AGG	2	6	7526	7531	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	14589971
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139	NC_000961	TTG	2	6	7637	7642	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	14589971
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271	NC_000961	TCG	2	6	15902	15907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	14589979
272	NC_000961	TGA	2	6	16044	16049	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	14589979
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274	NC_000961	TC	3	6	16098	16103	0 %	50 %	0 %	50 %	14589979
275	NC_000961	TC	3	6	16114	16119	0 %	50 %	0 %	50 %	14589979
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277	NC_000961	CTT	2	6	16229	16234	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	14589979
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391	NC_000961	TCCC	2	8	22888	22895	0 %	25 %	0 %	75 %	14589985
392	NC_000961	TCCC	2	8	22913	22920	0 %	25 %	0 %	75 %	14589985
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